中国音乐学院指挥系本科教学秉承学院“承国学、扬国韵、育国器、强国音”办学理念，以中国传统文化视角培养指挥人才传承中华文明、以中国乐派审美观念培养指挥人才诠释世界音乐、以世界文化发展方向培养指挥人才服务国际需求、以中国精神立足世界培养指挥人才坚守文化自信。在学院建设世界一流大学的办学目标下，指挥系着力建设世界一流的指挥学科，努力构建被世界认可的中国指挥教学体系。

指挥系于2003年成立，是中国高等音乐院校高水平指挥人才培养基地。旨在培养能够在世界音乐舞台上的专业文艺团体、专业艺术院校、社会文化机构等从事音乐表演与教学研究的指挥专门人才。由李心草教授担任学科带头人，指挥系构建了国际化一流师资队伍，其中包括胡咏言（美）、Wolfgang Redik（德）、Alexander Polishchuk（俄）、Peter Stark（英），Guido J Rumstadt（德），Peter Burwik（奥），Viktor Akulovich（俄）构成的外教团队。

指挥系是学院北京市“一流专业”建设项目的实施部门，是学院“中国乐派”音乐教学体系的建设部门。指挥系本科教学基于学院发起并建立的“全球音乐教育联盟”，力求课程设置与培养方案与“联盟”成员院校相互认可，为世界范围的音乐人才提供最优质的指挥教学资源，搭建最高端的指挥学习平台。

指挥系目前设置了本科、硕士与博士研究生三个层次的教学。在研究生阶段设置了歌剧指挥、乐队指挥、合唱指挥三个专业方向，目前计划逐步开设国乐指挥、早期音乐指挥与流行音乐指挥等专业研究方向。指挥系本科的培养方案则是围绕研究生层次所开设专业行具有针对性的基础训练。

指挥系的毕业生已经在国家或省部级艺术学院、综合大学以及国内外专业艺术团体担任教学或指挥工作。包括中国音乐学院、中央音乐学院、天津音乐学院、沈阳音乐学院、北京大学、清华大学、国家大剧院、新加坡华乐团、天津交响乐团、哈尔滨交响乐团、甘肃省歌舞剧院、山东省歌舞剧院。另部分本科毕业生考入国外著名音乐学院进行深造，包括美国霍普金斯大学皮博迪音乐学院、美国辛辛那提大学音乐学院、美国曼哈顿音乐学院、维也纳格拉茨音乐艺术表演大学、德国纽伦堡音乐学院等。